離職一月後補的離職申請，公司可以扣我的工資嗎？

我在2008你那6月進入公司，簽了勞動合同但沒有買保險，在2010年公司爲我買了保險，我在2011你那2月與經理有些矛盾就提出辭職，沒有提前一個月，提前了十幾天，在2011年2月底辭職離開，由於經理不同意，我也就沒有寫書面申請，離職一個月後，我去補了離職申請，但聽說我的工資都要扣完，工作期間有培訓，培訓協議到工作滿五年，但都不是我們自願籤的'，公司的人說只是形式，請問我能拿回我的工資嗎？還有我最初進入公司繳的保證金能退嗎？