求有關勞動法的題目

北京某集成電路設計公司於2005年3月份與南京某高校應屆畢業生李某及其所在學校簽訂了《全國普通高等學校畢業生就業協議書》，其中約定：李某進入公司第1年爲見習期，服務期爲3年，未按規定完成服務期，每相差1年支付1萬違約金，不滿1年按1年計算。雙方權利義務以報到後簽訂的勞動合同爲準。7月10日，公司與李某簽訂了爲期3年的'勞動合同，並規定了3個月試用期。1個半月後，李某向公司提出辭職申請。公司不同意解除勞動合同，認爲勞動合同產生的基礎是三方協議，根據三方協議，李某的行爲已經構成違約，所以李某應支付3萬元的違約金。
問：李某應支付這3萬元的違約金？在處理這起爭議時，到底是該依據三方協議？還是勞動合同