爲什麼分兩次發的工資還要扣個人所得稅？

我們企業的工資是分開發的
（每月15號發）第一次是基本工資；
（每月23號發）第二次是補貼工資兩項 起來超過2000元的個稅起徵點？第一次發的是有工資條的`工資（直接打到銀行卡）；第二次發的工資是沒有工資條的現金。既然兩項工資不是一次發的
爲什麼企業還要扣我們的個人所得稅？