關於北京應屆畢業生檔案的問題

我是今年應屆畢業生，北京生源，未簽過三方就業協議，檔案在學校待分，9月就會打回原籍。不久前，我和一個單位簽訂了兩年的勞動合同，待遇也不錯，只是不能籤三方協議。同學告訴我，不籤三方協議就沒有報到證，檔案打回原籍，也不能辦理轉正定級和計算工齡之類的!我想問像我這種情況的檔案應該辦什麼手續，才能不影響幹部身份、轉正定級、工齡等?