應屆畢業生，實習生回學校辦畢業手續，要扣錢？

我在一家公司實習，籤的是實習協議。
我當時面試的時候就和我的上司說的，我倒是這個時間點肯定是要請假的，因爲學校要畢業答辯、拍畢業照、開畢業典禮什麼的。後來他還是應聘了我。
然後我現在請假，到發工資的'時候我發現，我一個月請了3天的假，但是我的工資已經變成了當時合約上的一半左右了。
他扣了我的全勤獎和那三天的工資（這個無可厚非，畢竟我請了3天假），但是他另外還扣了就我請假三天（事假）的錢，就是合約工資的20%，這點我就不是很理解了，既然他已經扣了全勤獎了，那他爲什麼又扣這個合約工資的20%呢？他有權利這麼扣麼
？